საქართველოში ზოოლოგიურ გამოკვლევებს მეცნიერული საფუძველი ჩაეყარა 1932 წელს, როდესაც დაარსდა ამიერკავკასიის ზოოლოგიური სექტორი, რომელიც შემდგომში გადაკეთდა სსრკ მეცნიერებათა აკადემიის საქართველოს ფილიალად. მოგვიანებით, 1937 წელს ჩამოყალიბდა ემბრიოლოგიური სადგურიც. 1941 წელს მათ ბაზაზე შეიქმნა საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიის ზოოლოგიის ინსტიტუტი. მას სათავეში ჩაუდგა ამიერკავკასიის ენტომოფაუნის ცნობილი მკვლევარი, საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიის აკადემიკოსი ფ.ა.ზაიცევი.

სხვადასხვა დროს ინსტიტუტის დირექტორები იყვნენ:

აკად. ფ. ზაიცევი 1941 - 1957 წწ.	ბიოლოგიურ მეცნ. დოქტორი პროფ. დ.კობახიძე 1957 - 1964 წწ.
საქართველოს მეცნ. აკადემიის წევრ-კორესპონდენტი ბ.ყურაშვილი 1964 - 1989 წწ.	საქართველოს მეცნ. აკადემიის წევრ-კორესპონდენტი ი.ელიავა 1989 - 2005 წწ.
ბიოლოგიურ მეცნ. დოქტორი გ. ბახტაძე 2005 წლიდან.

საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიის ზოოლოგიის ინსტიტუტის თანამშრომლები, 1949 წ. სხედსან მარცხნიდან მარჯვნივ: ნ. ჯაფარიძე, ა. მაჩაბელი, ა. აბაზაძე, რ. სავენკო, მ. ბურჯანაძე, ტ. ჟიჟილაშვილი, ფ. ზაიცევი, თ. ანდღულაძე, დ. კობახიძე, ო. პონდოევა, მ. შიდლოვსკი, დგანან მარცხნიდან მარჯვნივ: თ. როდონაია, ა. სადოვსკი, ლ. ქოიავა, ვ. მაჭარაშვილი, ზ. ექვთიმიშვილი, თ. კაკაურიძე, ი. მორგილევსკაია (ფლიტი), ლ. შენგელია, ბ. ყურაშვილი, გ. ენუქიძე, თ. ბეგელაური, ჰ. რეკი.

სხედან: რ. სავენკო, ა. აბაზაძე, დგანან: თ. ბეგელაური, ნ. ჯაფარაშვილი, მ. შიდლოვსკი, თ. ჟიჟილაშვილი, ნ. ჯაფარიძე, ჰ. რეკი, ლ. ქოიავა, თ. როდონაია, თ. ანდღულაძე, თ. სიხარულიძე, პ. ჭანტურიშვილი, ა. დუმბაძე, [?], ო. პონდოევა, ა. ჯიბლაძე, ნ. შენგელია.

დღეისათვის ინსტიტუტი კვლევებს აწარმოებს შემდეგი მიმართულებებით: უხერხემლო და ხერხემლიან ცხოველთა ბიომრავალფეროვნება, სისტემატიკა (კარიოლოგიური და ბიოქიმიური მეთოდების გამოყენებით), ზოოგეოგრაფია, ეკოლოგია, ევოლუცია, რეინტროდუქციის საკითხები და კონსერვაცია, გარდა ამისაშეისწავლება ენტომო და ცხოველთა პარაზიტოფაუნა, საქართველოს ბუნებრივი და ხელოვნური წყალსატევები, მდინარეების ეკოსისტემები და მათი ბიოპროდუქტიულობა.